5大职能部门：研究院实行发展咨询委员会和董事会领导下的总经理负责制，下设五个职能部门，分别是研发中心部门、行政中心部门、财务中心部门、产业发展部门、业务拓展部门。
6大孵化企业：研究院在智慧农业领域开展垂直孵化，致力于发掘和培育具有发展潜力的农业科技企业，开放优质资源完善产业布局和研发体系，“以点带面”逐步实现从孵化企业向孵化产业的进阶升级。现有孵化企业6家，涉及数字乡村规划建设、无人农场规划设计、农业智能装备装备研发、智慧育种等领域。
